Die Geschäftsstelle des waff setzt unter der Leitung des Geschäftsführers die Aufgaben des Fonds um, soweit sie nicht dem Kuratorium, Präsidium oder Vorstand vorbehalten sind. Sie ist insbesondere für die Vorbereitung der Beschlüsse der anderen Organe verantwortlich. 

Die Struktur der Geschäftsstelle ist in einem Organigramm (pdf) beschrieben. Ein Teil der waff Dienstleistungen wird von Tochtergesellschaften (GmbH) erbracht. Sie stehen im Alleineigentum des waff.